水利部水文水資源監控工程技術研究中心于2006年4月經水利部批準組建，依托單位為南京水利水文自動化研究所。中心實行管理委員會領導下的主任負責制。根據工程中心任務、目標和社會需求，下設科技研發部，質檢資料部，培訓咨詢部和合作推廣部。

　　中心實行“開放、流動、競爭、協作”的運行管理機制。充分利用南京水利水文自動化研究所現有的人才、技術和設備優勢，通過聯合攻關、技術創新和技術輻射等形式，加快水文水資源監控先進設備的研發，促進科技成果的轉化與推廣應用。

　　主要任務：

　　應用現代科學技術，依靠體制、機制和科技創新，組織研發與完善自動化水平較高的水文水資源監控所需要的設備與控制、通信和網絡信息服務系統;開展水文水資源監控的技術研究、開發、交流、培訓和咨詢等;承擔國家及行業有關技術標準及規范的制定或修訂的技術工作，全面提高科研技術水平和科技成果轉化能力，建立科技服務和推廣運行體系。

　　主要研究方向：

　　水文水資源管理信息系統采集與傳輸技術

　　水文水資源監控與調度技術和先進設備

　　節水與水生態信息化技術

　　水文水資源管理系統工程規劃、設計與咨詢

　　國家標準、行業標準及規范的編制

　　科研技術和科技成果轉化

　　科技服務和推廣運行體系